雖然二氧化硅無毒，但并不是說他絕對無害

二氧化硅粉塵吸入會導致矽肺，因為他不能被肺臟吸收，只能沉積，最后會導致肺臟纖維化，無法吸收氧氣，最終導致窒息。這是一種非常嚴重的職業病，高發于缺乏必要防護的礦山、采石場、水泥行業等。此病目前沒有非常有效的治療措施，只能控制發展

二氧化硅做成細絲（即玻璃纖維、石棉之類的東西），在接觸人體時會很容易的刺破皮膚，留在人體內，導致無法緩解的刺痛、刺癢。雖然這種情況大多數會自然緩解，但如果長期接觸此類物質可能會導致血管堵塞、關節損傷等嚴重后果